Las dos metas principales del Programa de Cría en Cautividad consisten en asegurar a corto plazo la conservación del material genético de la especie y crear, a medio y largo plazo, nuevas poblaciones de lince ibérico a través de programas de reintroducción. Esto implica el mantenimiento de 60 reproductores en cautividad, cuyos cruces se seleccionaran de modo óptimo para evitar la endogamia, así como la preparación de animales para su reintroducción a partir del año 2010. Para cubrir debidamente las necesidades de espacio del Programa de Cría será necesario incorporar centros adecuados para la reproducción y el mantenimiento de ejemplares de lince ibérico.
El programa de cría se desarrolla en la actualidad en el Centro de Cría de El Acebuche (en el Parque Nacional de Doñana), con capacidad para 11 ejemplares y en el Zoobotánico de Jerez, con siete instalaciones de diferentes tamaños que pueden ser utilizadas como cuarentena, para mantenimiento de cachorros o para albergar tanto a cachorros o jóvenes como a ejemplares subadultos. El zoo tiene previsto construir dos instalaciones para ejemplares reproductores, según informa el Boletín de Plan de Cría en Cautividad del Lince que elabora el equipo de protección de esta especie en peligro de extinción.5
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